Domande frequenti sul Virus della PSA rilevato a Barcellona

Come vengono classificati i virus della PSA?

Il virus della peste suina africana (PSA) è stato classificato in diversi genotipi in base alla sequenza del gene B646L, che codifica per la proteina p72, una componente principale del virus. Sulla base di questa sequenza, sono stati descritti fino a 24 genotipi distinti, circolanti nel continente africano.

Al di fuori dell'Africa, sono stati segnalati solo i seguenti:

• Genotipo I: attualmente in circolazione in Asia, e responsabile della pandemia originatasi negli anni '60.
• Genotipo II: la maggioranza nell'attuale pandemia, iniziata in Georgia nel 2007.

Il laboratorio di riferimento europeo ha proposto la classificazione per gruppi genetici all'interno del genotipo II, basata sulle differenze nelle sequenze di sei regioni variabili del genoma virale.

In base alle differenze riscontrate in queste regioni, sono stati descritti complessivamente 28 gruppi genetici, di cui il gruppo genetico #1 è rappresentato dal ceppo Georgia2007.

La nomenclatura proposta per il ceppo rinvenuto a Barcellona è SP25WB2611, abbreviato in Sp25.

Il ceppo rinvenuto a Barcellona (Sp25) è diverso da quelli finora conosciuti ed è stato pertanto classificato in un nuovo gruppo genetico, il #29.

Alcuni gruppi genetici sono stati isolati solo da suini domestici, altri solo da cinghiali selvatici e altri ancora da entrambi gli animali. Gruppi genetici, come il #3 o il #19, si trovano in diversi paesi, ma la maggior parte è stata rilevata solo in una specifica area geografica. Allo stesso modo, esistono aree in cui circola più di un gruppo genetico, come nella Federazione Russa (#1, #2, #3, #4 e #7) o in Romania (#3, #7, #19, #21, #22, e #24).

Il genoma del ceppo Sp25 presenta una grande delezione, di circa 10 Kb, all'estremità sinistra del genoma e, inoltre, un totale di 27 SNP (mutazioni puntiformi che producono cambiamenti di un nucleotide nella sequenza del virus, dall'inglese Single Nucleotide Polymorphisms) rispetto al ceppo Georgia 2007.

Come sono distribuite nello spazio e nel tempo le sequenze disponibili in Genebank, con cui vengono confrontati i nuovi ceppi?

Sebbene dal 2007 siano stati isolati in Europa numerosi ceppi di VPSA, il numero di sequenze ottenute è relativamente molto basso.

La conoscenza della distribuzione geografica dei gruppi genetici dipende dal numero di campioni sequenziati e pubblicati in ciascun paese. In molti paesi colpiti dalla peste suina africana (PSA), i campioni non vengono sequenziati e/o i risultati non vengono pubblicati.

Le analisi di sequenza del ceppo Sp25, condotte presso l'IRB e il BSC di Barcellona, ​​mostrano la sua vicinanza filogenetica ai ceppi isolati da focolai epidemici nei paesi europei successivi all'introduzione del virus Georgia nel continente nel 2007 (Figura 1). Il ceppo Sp25 appare in un lignaggio che si è diversificato molto precocemente ed è quindi molto diverso da quelli che hanno causato i focolai più recenti nell'Europa centrale e occidentale. Come mostra l'albero filogenetico, questa sequenza è più strettamente correlata ai virus rilevati in Russia nel 2019 che ai ceppi isolati nell'Europa centrale e occidentale, ma rimane molto diversa da qualsiasi ceppo di cui sia stato ottenuto il genoma completo, compresi quelli isolati dalla Russia, dai quali differisce per la suddetta delezione e per oltre 20 SNP.

Si ritiene che il virus della peste suina africana (PSA) sia un virus a DNA molto grande e molto stabile. Quante modifiche deve subire un isolato di PSA per essere considerato un ceppo distinto?

Nell'ambito del progetto VPSA in Europa, il Laboratorio Europeo di Riferimento considera un isolato virale come un ceppo distinto quando viene classificato come un nuovo gruppo genetico.

Il numero di SNP che abbiamo rilevato ci permette di osservare la divergenza temporale di un ceppo dal ceppo "originale" Georgia 2007. Il VPSA è un virus a DNA a doppio filamento e, pertanto, un virus molto stabile. Dato il basso tasso di mutazione del virus, i vari SNP presenti in Sp25 devono essersi accumulati in un periodo prolungato dalla sua divergenza dal ceppo Georgia 2007. Secondo le stime più recenti, questo periodo potrebbe essere di circa 10-15 anni di divergenza evolutiva (stima effettuata dal Dr. Toni Gabaldón, IRB).

Se si tratta di un virus così stabile, è possibile che la delezione di 10.000 paia di basi osservata nel ceppo responsabile dell'epidemia di Barcellona si verifichi naturalmente?

Le dinamiche evolutive naturali del virus stesso generano questo tipo di delezioni genetiche. All'interno del genotipo II, delezioni erano già state descritte nella stessa regione con estensione e coinvolgimento genico differenti, sia in Africa (Ambagala et al., 2023) che in Europa (Zani et al., 2018; Torresi et al., 2025).

Questa delezione viene utilizzata in alcuni candidati vaccinali. Significa forse che non può verificarsi in natura?

Questo tipo di delezioni nel genoma del VPSA si verificano naturalmente e possono anche essere generate in laboratorio per creare alcuni candidati vaccinali. Vale la pena notare che oggi, durante il protocollo di sviluppo in laboratorio di un candidato vaccinale, nella maggior parte dei casi viene incluso un marcatore esogeno nel genoma virale (per ragioni tecniche) per differenziarlo dal ceppo originale. Pertanto, i candidati vaccinali sono facilmente identificabili tramite sequenziamento. Il ceppo Sp25 non presenta alcun tipo di marcatore esogeno. Inoltre, la maggior parte dei candidati vaccinali viene generata da un piccolo gruppo di ceppi di laboratorio molto simili tra loro e al primo isolato dell'attuale epidemia, Georgia2007.

La ricombinazione è un fenomeno comune tra i diversi ceppi di peste suina africana?

Affinché si verifichino queste ricombinazioni, una cellula ospite deve essere infettata simultaneamente da due ceppi diversi. Questo fenomeno non è così comune come nei virus a RNA con genomi frammentati (come il virus dell'influenza), ma si verifica con il VPSA. Ricombinazioni tra i genotipi I e II sono state segnalate in Cina (Zhao et al., 2023) e lo stesso virus ricombinante si è diffuso in altri paesi (Russia e Vietnam). Logicamente, maggiore è il numero di ceppi diversi che circolano nella stessa area, maggiore è la probabilità di tali ricombinazioni. Il modello di mutazione rilevato nel ceppo di Collserola (Barcellona) è distribuito in tutto il genoma, non in una regione limitata, rendendo improbabile un'origine da ricombinazione.

Si parla molto del fatto che il ceppo individuato a Barcellona non sia molto virulento. È davvero così?

La delezione identificata nel ceppo Sp25 potrebbe essere associata a una minore virulenza, come dimostrato in altri ceppi con delezioni che interessano questa regione. Tuttavia, esistono esempi di ceppi altamente virulenti con delezioni simili, pertanto questa conclusione non è definitiva. La virulenza del ceppo Sp25 può essere valutata solo attraverso infezioni sperimentali su suini o cinghiali in condizioni controllate.

L'unica certezza che abbiamo al momento è che si tratta di un ceppo letale per i cinghiali e che il quadro clinico osservato è paragonabile a quello descritto in altri focolai europei causati da ceppi classificati come altamente virulenti.

La Figura 2 mostra una ricostruzione cronologica dei casi di peste suina africana (PSA) tra i cinghiali, tenendo presente che la data del ritrovamento della carcassa non coincide solitamente con la data del decesso. Per ogni caso, viene presentato un intervallo temporale plausibile per la morte del cinghiale, stimato in base allo stato di conservazione della carcassa. Pertanto, sebbene non sia possibile determinare con precisione la data esatta dei primi decessi, gli intervalli temporali stimati per le prime carcasse indicano che la mortalità associata all'epidemia è iniziata mesi prima del rilevamento del primo caso, probabilmente intorno a settembre. Di conseguenza, la PSA ha circolato inosservata per un periodo iniziale, probabilmente a livelli bassi ma costanti, fino al momento della sua individuazione. La fase iniziale, a lenta progressione, dell'epidemia corrisponde all'introduzione e all'insediamento della PSA nella popolazione di cinghiali, seguita da una fase epidemica in cui si osserva un cambiamento nella pendenza della curva. È interessante notare che l'evoluzione di questa epidemia non si discosta molto da quella osservata nelle recenti epidemie in Europa.